Lego Mindstorms RCX 1.0

Date:2015-01-16 13:24:00

I had a, probably around 10 to 15 year old, box with a Lego Mindstorms RCX 1.0 sitting in my basement. I thought I could not use it anymore because the control tower needs a serial connection and I do not own a computer with a serial connection anymore. However, recently a friend told me that there are serial to USB adapters and that they even work nicely under Linux :-) He recommended the Digitus USB to Serial DB9 adapter and I followed that advise. The adapter cost me around 11 EUR. But I do not know if there are other, cheaper, better, ... adapters. On my Debian Wheezy I had nothing to do than plugin it in. The kernel recognised it immediately and loaded all needed drivers. Now, I needed a compiler to run some code on the RCX. My fried recommended Bricx Command Center 3.3. However, that the program seems not to exist for Debian. But their webpage forwarded me to the brickOS project. Their compiler seems to be dead since 2004 but surprisingly there are Debian packages for it:
# aptitude install brickos brickos-doc
My first try to use brickos failed but that was because the contacts in my RCX and the tower were corroded. Probably because of some battery leakage years ago. I was able to polish them clean using sand paper. After the installation and after I plugged the (cleaned) tower in and started the RCX I was able to upload the brickOS operating system to the RCX:
$ sudo chmod 666 /dev/ttyUSB0
$ export RCXTTY=/dev/ttyUSB0
$ firmdl3 /usr/lib/brickos/brickOS.srec
I did not read much documentation, but I assembled my first program using the demo programs shipped with the brickOS package. They can be found in:
Those demos included two makefiles. One for C and one for C++ code. I used the C++ Makefile to compile my own code and uploaded it to the RCX using:
dll NameOfYourFile.lx
And now a little rover is running around in my flat :-)

Debian 7.5 on an Acer Aspire One D270

Date:2014-07-11 16:52:00

I own an Acer Aspire One D270 netbook. At the moment I run Debian Squeeze on it but now it is time to update it to the current stable version: Debian 7.5 "Wheezy". The hard-disk will be encrypted, further I plan to set up Fluxbox as window manager and to set up a suspend to disk system.

Prepare the Hardware

  • I will do a network installation (netinstall) of Debian. Therefore the netbook should be connected to the internet via a ethernet cable. (That makes it easier because we do not have to think about setting up wifi during installation).
  • The Aspire One has no CD or DVD drive, but Debian can be installed via USB. The images can be found here. I used the CD iso image debian-7.5.0-amd64-netinst.iso. The image can be copied to a usb stick via:
    $ su -
    Password: ***
    # cat debian-7.5.0-amd64-netinst.iso > /dev/sdb
    Note: Make sure to use the device the USB stick is connected to. In my case this was /dev/sdb. Would be dangerous to use the wrong one and to delete one of your harddisk.
  • Further, I need the additional firmware package, which can be found here. The content of the tar.gz archive should be copied to a (second) empy USB stick.
  • Now we check, that the Netbook is plugged into a power socket (no need to do this on battery), connected to the ethernet and the two USB sticks are plugged in.

Install a Rescue System

  • I will install a non encrypted backup system. This system has no GUI and should not be used for every day work. However it may become handy if something weird happens.
  • Boot the netbook, choose install and select your language, country, keyboard layout and then wait for Debian doing his thing.
  • Choose eth0 as network.
  • Choose a machine and domain name (or use the default).
  • Set a root password and create a new user.
  • The installer will do some stuff, just wait for it to finish.
  • Now we come to the hard disk partitioning.
    1. Choose manual
    2. delete all partitions already on the hard disk (but be careful not to erase the usb sticks)
    3. select the free disk space, create a partition of the full disk minus one or two GB, format it to get rid of old operating systems, set it as "Do not use"
    4. create a partition using the rest of the hard disk set it to ext4 and use it as "/", apply the changes, say that you do not like swap (we are installing just a small rescue system at the moment. the real system will become swap), say that you really like to apply your partitioning scheme
  • wait for the installation of the system
  • choose a country for your mirror and then the mirror itself
  • enter the proxy settings, if you need one (for a "normal" home network you can probably leave this blank)
  • wait again, this time for the installation of apt
  • decide if you like to take place at the packet tracking
  • choose what you need for your rescue system. I decided for ssh-server, laptop, and standard system tools. If you feel familiar with the command line you do not need any X window system for the rescue system
  • wait for the installation
  • install the boot loader into the master boot record
  • boot the rescue system and test if it works

Install the Main System

  • plug in the installation usb stick ons more and boot it
  • follow the installer like before until you come to the partition dialogue
  • choose "Use as: physical volume for encryption". finish this dialogue in the overview choose "Configure encrypted volumes" say yes to the next dialogue and in the next one choose "Create encrypted volume" choose your desired partition (probably /dev/sda1) and go on and in the next dialogue go on finish (the second option) and confirm your decision in the next one.
  • On my machine Debian was now working for over 12 hours to encrypt the partition.
  • Now choose a passphrase. You have to enter it each time you boot your machine.
  • You will be returned to the partitioning dialogue. Select the new partition (at the top of the dialogue) and choose "Use as: physical volume for LVM"
  • now we go back to the partitioning dialogue and choose "Configure the Logical Volume Manager", we confirm the question and create a volume group with a free choosen name and add the /dev/mapper/sda1_crypt device to the group.
  • now we create two logical volumes:
    1. one for swap (my netbook has 2 GB of RAM so I made the SWAP as large as 4GB, this is way big enough for suspend to RAM)
    2. one for "/" system. I took the rest of the harddisk. but you can also add more for /home/ or /opt/ or whatever you need
  • go back to the partitioning dialogue and configure the two new volumes for their destination (select them, goto "use as:" and follow the instructions.
  • Now we set our rescue system disk (the debian we installed at first) to be used as /boot and that it should not be reformatted.
  • We hope we did everything correct and apply the new configuration and confirm it and then we have to wait again for the partitioning and then for the installation of the main system.
  • Then we carry on like in the installation of the rescue system. Configure the mirror for apt, the proxy, the packet manager survey (popularity-contest). In the software choose dialogue I selected this time, grafical desktop environment and again ssh-server, laptop and system tools. Install the bootloader grub in the MBR. For me the installer found also the rescue system and added it correct to the bootloader.
  • We reboot the system (make sure to remove the thumbdrives before you do it) and test if our main system boots properly and if everything seems fine
  • Debian asks us first for the passphrase for the encrypted harddisk (you can ignore the warning about the missing lvm volumes, before it asks you for the passphrase. They are encrypted at this time and linux will find them later). Then the grapgical greeter should power up and you can log in with the account we created earlier. Now gnome should start.


  • I edited the file /boot/grub/grub.cfg to make it clear which entry in the boot menu starts which system. Therefore I changed the name of the rescue system to "Rescue System: Debian GNU/Linux, mit Linux 3.2.0-4-amd64 (on /dev/sda2)"
  • Now I install the software I need:
    # aptitude install tmux rsync git-all texlive-full vim-gnome 
    python-numpy python-scipy python-matplotlib icedove iceweasel
    pidgin mpd gmpc  okular gcc make build-essential jabref gimp
    conky-all ipython ipython-notebook ipython-qtconsole vlc
    fluxbox gkrellm fbpager fbpanel eterm imagemagick wmmixer
    gcalcli radiotray gnome-terminal
To be continued...


Science Art: loosing mass

Date:2013-10-13 10:28:00

loosing mass

From time to time I produce some nice pictures during my work at the University or during my studies at home or somewhere else. Often these pictures are subjected to errors or are debug output in the code development of some program. Maybe they have no scientific meaning but they look nice. So I put them here without any context. They are just art.

Installing a ATI Radeon Sapphire HD 7850 on Debian Squeeze

Date:2013-02-18 12:39:00

Yesterday, I tried in a long session to install an ATI Radeon Sapphire HD 7850 graphics card on a Debian 6.0 machine. I tried to follow these instructions: But all I got where some error messages in the log files and a black screen with a blinking dash. I also tried the open source driver that was pre installed in Debian and the one from backports. But they all failed. The problem seemed to be that they where to old for my graphics card.

In the end I tried to install the ATI driver named Catalyst manually without apt-get. One of the how to claimed, that this will not lead to success, but it worked for me. So here is what I did:
I googled "ati catalyst linux download" and found the official web page of the driver. Then all that was left to do was to download and execute the file:
$ su - # become root
# mkdir catalyst13.1
# cd catalyst13.1/
# wget
# unzip amd-driver*.zip 
# chmod +x amd-driver*.run 
# ./amd-driver-installer-catalyst-*.run --install
# reboot
If your as lucky as I was a little GUI will pop up and guide you through the installation process. If the driver claims, that an driver is already installed, remove it with:
# aptitude purge fglrx-control fglrx-driver
Good luck!

Two pointers on pulseaudio and Debian Squeeze

Date:2013-01-21 21:31:00

  • PulseAudio: The Perfect Setup explains how to configure pulseaudio. After following these steps on Debian Squeeze all programs where playing their sound nicely. Only mpd and skype were not working.
  • Getting MPD to work with Pulse audio in Debian Squeeze explains how to configure the pulse audio device in the mpd.conf. The basic idea is to use the source given in the output of
    pactl stat
    as sink in the configuration of mpd:
    audio_output {
            type    "pulse"
            name    "Pulseaudio"
            server  "localhost"
            sink "alsa_output.pci-0000_00_09.0.analog-surround-41"

Skype 4.0 on Debian 6.0 Squeeze amd64

Date:2013-01-21 20:55:00

A working (at least on two of my three machines, the other on has sound problems with skype) Debian package of Skype 4.0 for Squeeze on the amd64 architecture can be found here: .

Installation is as usual via dpkg:
dpkg -i skype-debian_4.0.0.8-1_amd64.deb

cut mp3 files

Date:2012-07-03 08:15:00

From time to time I like to cut some parts out of a mp3 file. I am doing this with the mp3cut program (in the poc-streamer package in Debian):
mp3cut -o outfile.mp3 -t 16:09:43+000-17:46:30+000 infile.mp3
(via Go2Linux)

Mergin pdf files

Date:2012-04-24 21:16:00

You can merge several pdf files into one single pdf by using pdftk:

pdftk a.pdf b.pdf cat output merged.pdf

Executing the current line in vim

Date:2012-04-10 07:21:00

You can execute the (vim) command in the current line by pressing
For example: You have the following line in your latex file:
% :r!grep section %
Now you can execute this line by placing the cursor on it, and typing (in command mode) yy@". And you get a list of all sections of the current file.

Science Art: Errors in Michaelis Menten Simulations

Date:2012-03-06 20:00:00

Errors in Michaelis Menten Simulations

From time to time I produce some nice pictures during my work at the University or during my studies at home or somewhere else. Often these pictures are subjected to errors or are debug output in the code development of some program. Maybe they have no scientific meaning but they look nice. So I put them here without any context. They are just art.

neues Paper

Date:2009-01-21 13:00:00

Model Development for the Viral Kcv Potassium Channel. Viel Spaß damit.

Botanik zum anschauen

Date:2009-01-01 18:50:00

Vor ein paar Tagen habe ich angefangen das Buch "Pflanzenjäger" von Hielscher und Hücking zu lesen. Aber ich wollte nicht über das Buch schreiben. Das haben schon andere gemacht. Ich bin einer Fußnote im Kapitel über Paul Hermann gefolgt und habe dadurch die Website des Natural History Museum, London gefunden. Dort kann man sich das Herbar von Hermanns Sri Lanka (Ceylon) Aufenthalt ansehen. Und weil es so schön ist: The Endeavour Botanical Illustrations.

Linux läuft jetzt auch auf Kartoffeln

Date:2008-12-12 10:40:00

Einer Gruppe aus Amsterdam ist jetzt endlich der bioinformatische Durchbruch gelungen auf den wir alle schon lange warten. Die Installation von Linux auf einer Kartoffel.Ich geh mir dann mal schnell ein paar Säcke Kartoffeln kaufen und baue mir einen Cluster.


Date:2008-12-09 16:32:00

Bei den ScienceBlogs habe ich einen sehr schönen und und gut verständlichen Artikel zu einem spiel-theoretischem Problem der Autoverkäufer im US-Bundesstaat Oregon gefunden. Es geht um die Frage, ob man seinen Laden Sonntags öffnen sollte oder nicht: C. Reinboth: Gefangenendilemma in Oregon.

Stickstofffixierender Metabolismus bei der Zitterpappel

Date:2008-08-21 11:11:00

Bei der Zitterpappel sind jetzt wohl Hinweise auf einen Stickstofffixierenden Metabolismus gefunden worden. Durch die Analyse von radioaktiven Stickstoffisotopen konnten die Wissenschaftler der Purdue University nachweisen, dass die Pappeln Luftstickstoff in ihren Blättern fixieren können (spektrumdirekt: Stickstoffkreislauf: Pflanzen nehmen Luft-Stickoxide auf und verbauen sie und Lockwood et al.: Foliar uptake of atmospheric organic nitrates, GEOPHYSICAL RESEARCH LETTERS, VOL. 35 (2008)). Ich kannte bis jetzt nur die Luftstickstofffixierung durch Bakterien- oder Mykorrhiza-Symbiosen und bin jetzt gespannt was sich auf dem Gebiet noch ergibt. Es würde mich auch nicht wundern, wenn die Pappel sich den Fixierungsmetabolismus durch Gentransfer von (frühere) Symbionten "geklaut" hat.

wenn Viren krank werden

Date:2008-08-07 13:52:00

In einem Pariser Kühlturm wurde jetzt eine Amöbe gefunden. So weit nichts ungewöhnliches. Das diese Amöbe von einem Virus befallen wird ist auch eher zu erwarten gewesen. Interessanter wird es schon, wenn man liest, dass der Virus einen neuen Größen-Rekord aufgestellt hat.

Total begeistert war ich aber darüber, dass ein zweiter sehr kleiner Virus-ähnlicher Partikel gefunden wurde der die Viren-Fabrik (also den Ort in der infizierten Amöbe, indem der Virus neue Kopien seiner selbst produziert) befällt. Die Entdecker schlagen dafür den schönen Namen Virophage vor. Ein Virus der einen Virus befällt.

Und wer das ganze noch mal journalistisch aufbereitet lesen will, kann das bei Nature machen: Nature News: "Virophage" suggests viruses are alive.

Natürlich ein Ionenkanal

Date:2008-05-23 10:38:00

Wissenschaftler der Universität Jerusalem haben festgestellt, dass Weihrauch als psychoaktive Substanz wirkt. Zumindestens mal bei Mäusen (scinexx: Weihrauch als Droge entlarvt). Ob man Mäusen jetzt den Besuch von Gottesdiensten anraten sollte oder besser nicht mehr mit dem Auto von der Kirche heim fährt, sollen andere entscheiden. Ich fand sehr interessant zu erfahren, dass die Psychokativität durch die Aktivierung von Calcium-Kanälen im Gehirn stattfindet. Und wer das alles noch mal genauer Nachlesen will, findet die Orginalquelle hier: Moussaieff et. al.: Incensole acetate, an incense component, elicits psychoactivity by activating TRPV3 channels in the brain, FASEB, 2008.

Satelliten in Echtzeit verfolgen

Date:2008-04-05 11:34:00

Auf der Webseite REAL TIME SATELLITE TRACKING kann man Satelliten, Raumstationen und Space Shuttles beim überfliegen der Erde verfolgen. Man bekommt eine Google-Maps Karte angezeigt in der die Position des Objekts eingezeichnet sind und das ganze aktualisiert sich dann ständig. Sehr schön anzusehen und ich weiß jetzt das die ISS gerade über Nepal ist. Aber lange wird sie da nicht bleiben...

Bernstein einmal zum Röntgen

Date:2008-04-02 15:33:00

Mit Hilfe von Röntgenstrahlen ist es möglich nicht-transparente Bernsteine zu durchleuchten und nach Einschlüssen zu durchsuchen. Das ganze geht sogar soweit, dass man 3D-Rekonstruktionen eingeschlossener Insekten erstellen kann, anhand deren sich die Insekten wohl recht gut bestimmen lassen: Röntgenstrahlung schält Fossilien aus Bernstein

Lorem ipsum dolor sit amet

Date:2008-03-31 09:22:00

... consectetuer adipiscing elit. Nam enim turpis, hendrerit eget, dapibus ac, faucibus ac, ipsum. Mauris porta pretium eros. Es kommt ja doch hin und wieder mal vor, dass man einen Blindtext benötigt. Sehr schön finde ich da immer den Lorem ipsum-Generator von


Date:2008-02-25 13:15:00

Bei der Universität Hamburg habe ich eine extrem gute Anleitung (mit Bildern :-) !!) zum Aufbauen von SSH-Tunneln gefunden: Ansprechen eines CVS-Servers durch einen SSH-Tunnel Anders als der Titel vermuten lässt wird dort nicht nur erklärt wie man CVS (was auch auf svn übertragbar ist) tunnelt sondern auch wie man sich über einen Gateway-Rechner mit einem dritten Rechner verbindet.

Chaos im Schlamm

Date:2008-02-14 14:08:00

In Nature wurde jetzt ein Artikel mit einer Langzeit-Analyse eines Plankton-Ökosystems veröffentlich. Besonders untersucht wurde dabei die Möglichkeit das Verhalten des Ökosystems vorherzusagen, mit dem Ergebnis, dass sich das Ökosystem chaotisch verhält und eine Vorhersage von 15-30Tage in die Zukunft erlaubt. Interessant finde ich auch die Vermutung, dass die Vorhersagbarkeit von Ökosystemen von der Generationsdauer der beteiligten Spezies abhängen könnte. Falls ich jetzt Interesse geweckt habe: Bei gibt es eine schöne Zusammenfassung ( Chaos im Nahrungsnetz) und für alle die einen Nature-Zugang haben oder den Artikel kaufen wollen gibt es hier den Orginalartikel: Nature 451, 822-825 (14 February 2008):Chaos in a long-term experiment with a plankton community


Date:2008-02-06 15:53:00

Für den kleinen oder großen Systematiker in uns gibt es ein neues Werkzeug zur Einordnung von Pflanzen in den schönen großen Stammbaum der Botanik. Gefunden habe ich das ganze bei BBC. Es geht darum, dass es gelungen ist ein Chloroplasten-Gen zu identifizieren, welches sich wohl als eine Art Barcode eignet. In dem Artikel sieht das alles ganz toll aus. Als währen jetzt alle Probleme der Systematik gelöst. Das dürfte eine Übertreibung sein, praktisch finde ich es trotzdem: DNA "barcode" revealed in plants

Feel the groove, kleiner Schleimpilz

Date:2008-01-14 16:02:00

Beim scienceticker habe ich einen Artikel über die Fähigkeit von Schleimpilzen Rhythmen zu erlernen gefunden: Schleimpilz mit Rhythmusgefühl

Vim7 mit Tabs

Date:2008-01-07 10:55:00

Ich habe mich ein bisschen mit der Tab-Funktion von vim auseinander gesetzt und dachte mir ich trage hier mal ein paar Tipps zusammen bevor ich sie wieder vergesse:

- um mehrer Dateien in Tabs zu öffnen, gibt es die Option -p: vim -p datei1 datei2 datei3

- eine neues Tab bekommt man im Kommandomodus von vim mit :tabedit oder :tabe

- man kann auch gleich eine neue Datei auf diese Weise öffnen: :tabe datei4

- mit Strg+w gf kann man einen Dateinamen unter dem Coursor in einem neuen Tab öffnen

- mit der Option tabpagemax kann man die Anzahl der maximal offenen Tabs festlegen. Neue Dateien werden danach nur noch in normalen Puffern geöffnet. Bei mir steht in der .vimrc:
set tabpagemax=20

- mit Ngt kann man zu Tab N springen: 3gt

- und damit man auch weiß welcher Tab welche Nummer hat kann man mit guitablabel die Nummer auf den Tab schreiben. Bei mir steht das so in der .vimrc:
set guitablabel=%N/ %t %M

Mehr Fahrräder

Date:2007-09-14 11:26:00

Britische Wissenschaftler haben ein Verkehrskonzept für London vorgestellt, dass mir auch hier gut gefallen würde. Sie schlagen vor nur eine große Autobahn für die Stadt zu haben und kleine Strecken von zu Hause oder von der Autobahn aus, dann mit dem Rad oder zu Fuß zurück zu legen. Gleichzeitig sollte dann das Geld das man im Straßenbau spart dafür nutzen die Rad- und Fußwege weiter auszubauen. Das ganze soll dann die Kohlendioxid-Emissionen senken und die Bevölkerung wieder gesünder und aktiver machen. Als Radfahrer und Fußgänger hätte ich hier auch nichts dagegen. Ich würde sogar sagen: Einen zentralen Park- und Ride- Parkplatz irgendwo vor Darmstadt (vielleicht noch zusammen mit den umliegenden Städten) und von da kann man dann mit Bus und Bahn in die Nähe des gewünschten Zielortes kommen und dann geht es zu Fuß weiter. Beim Ausbau der Rad-, Fuß- und ÖPNV-Wege könnte man dann gleich noch dafür sorgen, dass man mehr Fahrräder in den Bussen und Straßenbahnen transportieren kann und die nicht mit einem Rad und zwei Kinderwägen voll sind. Den einzigen Auto-Verkehr den man dann nur noch zulassen müsste wäre der Lieferverkehr für die Geschäfte. Das könnte man ja in einem bestimmten Zeitfenster machen. Aber wenn ich dran denke, dass es in meinem Schwimmverein Leute gibt die zu faul sind 800m zum Schwimmbad zu Fuß zu gehen sondern das Auto nehmen, werde ich wohl noch so lange an einer dreispurigen Schnellstraße wohnen müssen, bis ich hier wegziehe. Quelle: spektrumdirekt: London: Autos raus als Klimaschutz?


Date:2007-09-03 16:03:00

Ich habe mich heute dazu entschieden etwas über Datenbackups zu schreiben und wie einfach das ganze eigentlich ist. Ich war früher auch eher schlampig mit meinen Backups und habe ca. 1-2 mal im Jahr (meistens vor einem Betriebssystem-Update) ein Backup auf Cds gemacht. Das war dann ein gemütlicher Nachmittag an dem ich so um die 40Cds gebrannt habe. Irgendwann habe ich mich dazu durchgerungen regelmäßiger Backups von meinen Daten zu machen. Das macht mit CDs dann natürlich keinen Spaß mehr. Also habe ich mir eine externe Festplatte gekauft. Die kosten zwar ein paar Euro dafür kann man damit aber wesentlich besser seine Daten retten. Die externe Platte sollte logischerweise in etwas gleich groß oder etwas größer sein, als die interne. Das wichtigeste was man jetzt noch machen muss ist sich den Backup-Vorgang so weit wie möglich zu automatisieren. Wenn ich die ganze Zeit über dabei sitzen muss oder die Dateien einzeln kopiere bringt das nichts. Dann kann ich auch wieder CDs brennen. Wenn man einschlägige Datenrettungs-Literatur ließt bekommt man meistens den Tipp das Backup automatisert um 3uhr Nachts starten zu lassen. Das Problem dabei ist: In Firmen funktioniert das vielleicht nocht, aber die meisten Leute die ich kenne (mich eingeschlossen) machen ihren Computer aus, wenn sie ihn nicht brauchen. Also funktioniert das Zeitgesteuerte-Backup hier nicht. Was man noch machen könnte wären den Computer extra für das Backup mit einer Zeitschaltuhr hochzufahren. Da bei mir der Rechner im Schlafzimmer steht kommt das für mich auch nicht in Frage. Ich habe dann darüber nachgedacht das Backup automatisiert beim Hoch- oder Runterfahren zu starten. Wenn ich den Computer hochfahre will ich ihn dann aber auch sofort benutzen und nicht erst eine viertel Stunde warten bis das Backup fertig ist. Und beim Herrunterfahren ist es mir auch lieber, wenn der Rechner gleich ausgeht (außerdem kommt hier noch ein technisches Problem mit meiner externen Festplatte zum Zuge. Da will ich aber jetzt nicht drauf eingehen.) Lange Rede, kurzer Sinn. Ich habe keine Lösung gefunden das Backup automatisiert zu starten. Über Ideen bin ich jederzeit dankbar. Was ich allerdings gemacht ist mir das Starten des Backupvorganges so einfach wie möglich zu machen. Ich habe mir ein kleines Linux-Bash-Skript geschrieben, welches das Backup durchführt. Ich muss also nur noch ein Programm starten und schon wird alles gesichert. Das kann man dann noch schnell starten bevor das Mittagessen fertig ist oder der Film anfängt oder wenn man den letzten Satz der Diplomarbeit geschrieben hat. Mein Skript sieht so aus:
####### Configuration ########
TARGET="/mnt/backup" # Verzeichnis, wohin das Backup geschoben wird
SOURCE="/"           # Quelle des Backups
LOG="backup-`/bin/date +%d%m%Y%T`.log" # Dateiname der log-Datei
RSYNC_OPTIONS="-a -v --exclude-from=auslassdatei.rsync"
Es wird hier mit dem Programm rsync (das muss man eventuell noch extra installieren) alle neuen Daten in TARGET nach SOURCE kopiert. Dabei wird eine log-Datei geschrieben (mit dem aktuellen Datum im Dateinamen um alte Logs nicht zu überschreiben). Außerdem gebe ich dem Programm noch einen nice-Level von 19 mit, damit andere Programme auch noch eine Chance haben zum Zuge zu kommen. Dann gibt es noch die Datei auslassdatei.rsync in der ich Verzeichnisse aufliste, die nicht mit ins Backup sollen (zum Beispiel den mount-Ort des Backups. Sonst gibt es eine Endlosschleife). Bei mir sieht die Datei so aus, andere werden sie anpassen müssen:
So und damit die Windows-User (und die sind es ja meistens die ihre Rechner kaputt machen ;-) ) sich nicht beschweren: Mit SyncBack macht meine Freundin ihre Backups von Windows XP aus. Und sogar mir ist es schon gelungen mit dem Programm ein Backup zu machen. Also in Zukunft bitte keine Anrufe mehr der Art: Mein Rechner ist kaputt. Mach ihn ganz und die Daten musst du auch noch retten. Das muss ab jetzt heißen: Mein Rechner ist kaputt. Kannst du ihn vielleicht reparieren und dann mein Backup wieder einspielen?

Datenspeicherung bei Bakterien

Date:2007-08-29 18:58:00

Heute, wie meistens, nur ein Hinweis auf einen schönen Artikel. Diesmal von Wie Bakterien die Jahrmillionen überdauern


Date:2007-05-31 18:22:00

Measuring in vivo elasticities of Calvin cycle enzymes: Network structure and patterns of modulations

Ein Kommentar am Rande

Date:2007-05-30 11:43:00

Nachdem ich heute vor dem Problem stand eine große Anzahl von Zeilen in einem Tcl-Skript auszukommentieren habe ich folgende Lösung dafür gefunden (das ganze natürlich in Vim. Wer noch einen anderen Editor verwendet sollte sich schämen): Strg-V bringt einen in den Visual-Block-Mode. Dann markiert man den Anfang aller zu kommentierenden Zeilen und drückt dann I (das große I) um in den Inser-Mode zu kommen, dann kann man das Kommentarzeichen einfügen (hier also # ) und ein Escape kommentiert alles auf einen Schlag aus. Vielen Dank an das Not So Frequently Asked Questions--Blog

Warum Raupen besser ihre Zähne putzen sollten,

Date:2007-05-10 20:59:00

könnt ihr in diesem Artikel von erfahren: Raupen-Mundgeruch warnt Pflanzen


Date:2007-01-26 20:41:00

Heute gibt es mal zwei Artikel zu Symbiosen. Einmal in der netten Variante. Eine schöne Symbiose zwischen einem Gras, einem Pilz und einem Virus.Ein Virus in einem Pilz in einer Pflanze Und einmal in der nicht so freundlichen Variante. Wie Paramecien Plastide versklaven. Kernklau im Plankton


Date:2007-01-13 22:01:00

Rafflesia hat eine Familie bekommen. Mit Hilfe von DNA-Proben und etwas Bioinformatik konnte sie der Familie Euphorbiaceae zugeordnet werden: BBC NEWS: Family found for gigantic flowers Morgen werde ich dann mal meinen Weihnachtsstern fragen, ob er sich über die neue Verwandschaft freut.

Wie Reben den Zaun hinaufkommen

Date:2006-11-21 15:27:00

Juchhu. Ich finde dann doch auch mal einen Artikel zur Biomathematik in meinen "trivialen" Wissenschaftsquellen. Leider steht nicht so viel drin. Aber ich werde mir mal die Quelle zu gemüte führen. - Wie Reben den Zaun hinaufkommen

Es blitzt

Date:2006-11-14 16:10:00

Heute gibt es mal eine neue Methode zur Strukturbestimmung von Molekülen: Blitzartig abgelichtet Vielleicht kann man damit, ja die Proteine entschlüsseln bei denen die Röntgenstrukturanalyse Probleme macht. Oder wir finden heraus, dass die DNA gar keine Doppelhelix ist... Und wem das zu hell und heiß ist, hier noch einen Artikel aus der Netzeitung in dem es um Oberflächen geht die sich mit "Stacheln" selbst steril halten. Zumindestens bis wir die Bakterien finden die die Stacheln nutzen um ihre Zellwand dazwischen aufzuspannen. Feine Stacheln zerstören Keime

von Ionen und Viren

Date:2006-10-27 19:37:00

Als halber Ionenkanalmodellierer muss ich natürlich den Artikel über Möglichkeit erwähnen die Ionenaktivität von Zellen automatisch mit Hilfe eines Chips zu überwachen. Wenn ich das jetzt auch noch automatisiert auswerten kann, muss ich nur noch ein Programm schreiben, dass die Ergbnisse des Chips mit meinem Modell vergleicht und kann einen Kaffee trinken gehen. Chip spioniert Zellen aus New biochip helps study living cells, may speed drug development Außerdem habe ich noch in einem Artikel auf scienceticker gelesen, dass wir wohl einen alten Freund verloren haben. Ich kannte das kleine Kerlchen bis heute zwar nicht, aber interessant fand ich die Geschichte trotzdem. Virus geht eigene Wege

bundisch wars

Date:2006-10-25 21:25:00

Bei scienceticker war heute zu lesen, dass Paläontologen der Ohio State University wohl gelbe Pigmente in verteinerten Seelilien gefunden haben. Damit währe wohl die frage geklärt, ob die Welt vor der Erfindung des Farbfernsehens schwarz-weiß war: Fossilien liefern älteste Pigmente Und dann habe ich bei noch eine sehr merkwürdige Idee gelesen, wie man bemannte Marsmissionen bewerkstelligen kann. Das ist so verrückt, dass lohnt sich gelesen zu werden: Per Anhalter von der Erde zum Mars

ews+++Breaking News+++Breaking News+++Break

Date:2006-10-24 16:00:00

Heute mal wieder (wie meistens eigentlich) ein paar Lesetipps: 1) Bei habe ich einen Artikel über biologische und chemische Kriegsführung bei Bakterien gelesen. Es werden verschieden Strategien vorgestellt mit denen Bakterien versuchen einen Lebensraum für sich zu gewinnen. Es wird aber auch eine friedliche Alternative besprochen... Mord und Multikulti 2) Bei konnte ich lesen, dass amerikanische Paleontologen Hinweise auf Darmparasiten bei Entenschnabeldinosauriern gefunden haben. Die armen Tierchen durften sich wohl auch schon mit Nematoden und ähnlichen rumschlagen. Sehr verwunderlich finde ich das allerdings nicht. Immerhin gibt es Nematoden schon etwas länger und bei der langen Zeitspanne in der man Dinosaurier treffen konnte musste man sich bei der Koevolution auch nicht unbedingt beeilen. Parasitengänge im Dinosaurier-Darm 3) Und zum Schluss noch einen Artikel aus der Netzeitung. Genetiker aus Europa haben wohl das Gen bei Mäusen entdeckt, dass die zeitliche Steuerung des Hungergefühls übernimmt. Gefühlte Essenszeit ist genetisch gesteuert Viel Spaß beim lesen.

Cuscuta auf der Jagd

Date:2006-09-29 19:48:00

Ich hab eben einen Artikel bei Scienceticker gelsen, dass Cuscuta-Arten (Teufelszwirn / Engelshaar / Kleeseide, ach Trivial-Namen sind was tolles) ihre Wirte am Geruch erkennen. Zu lesen gibt es das ganze hier: scienceticker - Teufelszwirn wächst der Nase nach. Bei Wikipedia habe ich dann noch ein ganz nettes Bild dazu gefunden: Cuscuta bei Wikipedia

Es lebt

Date:2006-09-20 08:25:00

Ich habe eben auf BBC gelesen, dass es Botanikern der Millennium Seed Bank gelungen ist ein paar Samen zum Keimen zu bringen die 1803 am Kap der Hoffnungen von einem Kaufmann gesammelt wurden. Das sind zwar nicht die ältesten Samen die wieder ausgekeimt haben (es ist auch schon bei 500 Jahre alten Lotus-Samen und angeblich auch bei 2000 Jahre alten Palmensamen gelungen), aber ich finde es trotzdem beeindruckend: BBC NEWS: Seeds 200 years old breathe again


Date:2006-09-08 17:56:00

Ich hab mal wieder bei einen interessanten Bericht über die Mechanismen und Gegenmechanismen der pflanzlichen Bakterienabwehr gelesen. Es geht darum, dass Pflanzen in der Lage sind ihre Spaltöffnungen zu schließen wenn Bakterien versuchen über diese in die Pflanze einzudringen. Im Gegenzug gibt es aber auch Bakterien die die Spaltöffnungen selber wieder öffnen können. Viel Spaß beim lesen. Pflanzen sperren Schädlinge aus

von Bienchen, Blümchen, Moosen und Krebsen

Date:2006-09-02 11:17:00

Ich hab eben einen interessanten Artikel gelesen über die Coevolution von Insekten und Pflanzen gelesen: Kleine Krabbler helfen beim Moos-Sex Viel Spaß beim lesen.

schöne bunte Kanalwelt

Date:2006-08-30 14:47:00

So für all diejenigen die wissen wollen was ich eigentlich den ganzen Tag bei den Chemikern treibe: mein Kanal Das ist ein Kalium-Kanal eines Chlorella-Virus. Erstellt wurde das ganze mit dem Programm charmm (nicht gerade billig, aber man braucht es auch nicht unbedingt zu Hause) und visualisiert habe ich es mit dem Programm vmd. Zu sehen ist der Kaliumkanal in der Mitte (fette Moleküle) darum sieht man in türkis die Membranmoleküle in denen der Kanal steckt. Ganz schwach in rot kann man das Wasser erkennen das die Membran umgibt.

Brasilien fliegt Pinguine heim

Date:2006-08-01 09:56:00

Ich habe eben in einem BBC-Artikel gelesen, dass jedes Jahr so um die hundert Pinguine an den Küsten Brasiliens stranden. Sie sind wohl auf abgebrochenen Eisschollen nach Norden getrieben. Früher wurden diese Tiere einfach auf die lokalen Zoos verteilt. Jetzt werden sie vom Militär mit Schiffen und Flugzeugen nach Hause in die Antarktis gebracht. Das ist mal eine Sinnvolle aufgabe für die Soldaten.

von Viren und Evolution

Date:2006-07-18 11:02:00

Ich wollte mal wieder einen sehr schönen Artikel empfehlen: Carl Zimmer: Did DNA Come From Viruses?, Science 12 May 2006: Vol. 312. no. 5775, pp. 870 - 872 Der Autor Carl Zimmer stellt dabei die Theorien Patrick Forterres vor, dass Viren eine sehr wichtige Rolle in der Evolution des Lebens spielten. Forterre geht davon aus, dass sowohl die DNA von Viren erfunden wurde, als Schutz vor den RNasen der Bakterien, als auch, dass die drei Domänen des Lebens (Bakterien, Archaeen, Eukaryoten) durch Infektion von irgendwelchen Ur-Zellen entstanden sind. Er geht sogar soweit Viren als die vierte Domäne des Lebens zu bezeichnen und stellt die Hypothese auf, dass auch der Zellkern ein Virus ist. Seine Theorien sind sehr ungewöhnlich, da sie vielem widersprechen was man als Lehrbuchwissen lernt. Aber ich finde er erklärt sehr gut ein paar Fragen die ich mir schon immer gestellt habe wenn ich mich mit Evolution beschäftigt habe. Wie hat sich RNA zur DNA entwickelt? Wie kam es zu großen Veränderungen und sprunghaften Mutationen in der Evolution? Wo kommt der Zellkern her? Wie sind Bakterien, Archaeen und Eukaryoten entstanden?

Selbstbestäubende Orchideen

Date:2006-06-22 11:27:00

Wegen der großen Nachfrage (immerhin 100% meiner bekannten Leserschaft hat sich beschwert) hier mal wieder ein Eintrag. Eigentlich wollte ich ja vor Monaten hier ein kleines Programm schreiben das ein Räuber und Beute Verhalten nach Volterra simuliert. Das habe ich nicht gemacht. Vor lauter Semester bin ich nicht dazu gekommen. Now something completely different. Ich habe gestern einen sehr interessanten Artikel gelesen. Es geht darum um die asiatische Orchideen-Art Holcoglossum amesianum, die sich selbst bestäuben kann. Normalerweise haben Orchideen sehr komplexe Organe ausgebildet um genau dies zu verhindern, z.B. kleine Trennwände zwischen Staubblatt und Griffel und ähnliches. Die Bestäubung wird dann entweder vom Wind oder von Insekten vorgenommen. Alles schön und gut. Diese Orchidee hat sich aber eine Nische ausgesucht in der es weder Wind noch Insekten gibt. Sie lebt in asiatischen Bergwäldern als Epiphyt und blüht von Februar bis April. Das Wetter in dieser Jahreszeit ist trocken und windstill und die Insekten sind auch noch am schlafen. Und was macht die Orchidee? Sie lässt einfach ihr Staubblatt um die Trennwand, die die Selbstbefruchtung verhinder soll, herumwachsen und geht den Griffel besuchen. Was lernen wir daraus? Inzest ist wohl besser als aussterben. Zumindestens für Holcoglossum amesianum. Von denen, für die es nicht besser war, werden wir wohl nie erfahren.

von Räubern und Beute

Date:2006-03-18 15:10:00

Neulich bin ich auf die Publikation Fluctuations in the Abundance of a Species considered Mathematically von Prof. Vito Volterra (Nature Vol.118 S.558ff, 1926) gestoßen. Prof. Volterra stellt dort sein berühmtes Räuber-Beute-Modell vor. Der Artikel hat mich an ein Computerprogramm erinnert, dass ich in meinem Bio-LK geschrieben habe. Es sollte das beschriebene Verhalten simulieren. Leider funktionierte das damals nicht sehr gut und die Populationszahlen schwankten eher merkwürdig. Seit meinem Bio-LK habe ich ein bisschen was dazu gelernt, was das Programmieren und die Mathematik angeht und ich habe mir deshalb gedacht, dass ich mal wieder ein Programm zur Simulation des Räuber-Beute-Verhaltens schreiben könnte. Und damit hier ein bisschen Leben in mein Blog kommt werde ich das ganze hier dokumentieren. So genug der Ankündigung. In ein paar Tagen gibt es hoffentlich ein paar erste Gedanken.